In Dreamweaver gibt es die Funktion Vorlagen *.dwt. Hierbei handelt es sich um normale HTML-Seiten, die an bestimmten Stellen mittels HTML-Kommentar als bearbeitbar gekennzeichnet sind.

Ein Seite, die auf einer Vorlage basiert ist vergleichbar mit einem Template in einem CMS. Sprich ändert man die Vorlage ändern sich alle Seiten gleich mit.
Alle Links, die in einer Vorlage gesetzt werden, ändert DW sobald sich die auf die Vorlage basierende Seite in einem anderen Verzeichnis befindet automatisch.
Dies gilt für Grafiken wie Header aber auch für angehängte Stylesheets.
Soweit so gut.

Problem:
Dreamweaver aktualisiert keine Pfade innerhalb von Conditional Comments.
Und damit hat man ein Problem, will man Stylesheets einbinden, die den IE anders behandeln.
Befindet sich also eine Seite in einem Unterverzeichnis werden zwar alle Pfade außerhalb der Conditional Comments aktualisiert, das Stylesheet für den IE wird aber nicht mehr gefunden.

Lösung:
Bindet die Pfade innerhalb der Conditional Comments immer relativ zum Stammordner ein, also:
/css/patchfile.css statt css/patchfile.css

Der Server sucht dann immer ausgehend vom Stammverzeichnis das Stylesheet, egal in welchem Unterverzeichnis sich die Seite auch befindet.

Problem2: Macht man das gleiche mit den Pfaden außerhalb der Conditional Comments, kann man die Seite lokal nicht mehr betrachten (Vorschau im Browser), da der Browser lokal kein Stammverzeichnis kennt. (Ausnahme Testserver-Betrieb)

Lösung2: Normale Pfade mit ../css/layout.css statt /css/layout.css bzw. css/layout.css einbinden.
Dann sieht man beim testen lokal wieder alles.

Einzige Einschränkung dieser Lösung: eine lokale Vorschau mit IE6 ist dann aus o.g. Gründen nicht mehr möglich. Aber bei YAML auch nicht nötig, da bei korrekter Einbing der Stylesheet keine Bugs mehr auftreten.